A principal diferença entre os certificados A1 e A3 é a geração e o armazenamento das chaves criptográficas (arquivo digital, token ou cartão).
O certificado A1 tem seu arquivo gerado e armazenado no próprio computador pessoal do usuário, com validade de 1 ano.
Já o A3 é disponibilizado em token ou cartão, pode ser utilizado em qualquer computador, com validade de 1 a 3 anos.